Foto: lago de Baña

En la comarca se sitúa la frontera entre dos cuencas hidrográficas, la del Miño (Cabrera-Sil) y del Duero (Eria). Los regímenes fluviales son pluvionivales, marcados con máximos en invierno (máximo de precipitaciones) y primavera (deshielo), y a un mínimo marcado en verano.

La Cabrera cuenta con una importante cantidad de lagunas y lagos de origen glaciar. Entre ellos los más destacados son el lago de La Baña y el lago de Truchillas, catalogados como espacios naturales protegidos por la Junta de Castilla y León.