Aparte de una magnífico y culto poeta también era un hombre comprometido con su tiempo, no dejó de lado los problemas del día a día, así que dentro del contexto de los problemas abordados por la Escuela de Salamanca, a la que pertenecía, Fray Luis intervino en la Polémica De auxiliis, junto con el jesuita Prudencio de Montemayor, defendiendo la libertad del hombre, lo que le costó la prohibición de enseñar dichas ideas.